1989年にコナミから発売されたファミリーコンピュータ用アクションゲーム『ミュータント・タートルズ』は、タートルズを題材にした初のゲーム化作品です。プレイヤーは亀忍者のリーダー、レオナルドとしてゲームを開始しますが、スタートボタンを押してインフォメーション画面を開くことで、いつでも他の亀忍者に交代できます。

インフォメーション画面は、各キャラクターのステータス、所持アイテム、現在のエリアのマップグリッド、そしてスプリンター先生やエイプリルからのメッセージを確認できる、重要な情報源です。各亀忍者は異なる武器を持ち、攻撃速度、攻撃力、リーチもそれぞれ異なります。状況に応じてキャラクターを切り替えることが、攻略の鍵となります。

プレイヤーが操作する亀忍者のライフが尽きたり、致命的な罠に陥ったり、ローラーカーに轢かれたりすると、そのキャラクターは敵に捕らえられ、操作キャラクターは残りのメンバーに変更されます。4人全員が捕まってしまうとゲームオーバーです。しかし、エリア3以降のステージでは、捕らえられた仲間を救出するチャンスが各ステージに一度だけ用意されています。

ゲームは全6エリアで構成され、主に俯瞰視点の地上画面と、横スクロールの地下画面を行き来しながら進みます。地上画面では4方向への移動と攻撃が可能。地下へと続くマンホールやビルの入り口から、横スクロール画面へと移行します。横スクロール画面では、ジャンプ、しゃがみ、攻撃、そして武器アイテムの使用といったアクションを駆使して攻略を目指します。

武器アイテムには、「シュリケンシングル」、「シュリケントリプル」、「ブーメラン」、そして三日月形のビームに拡大してボスキャラクターにも大ダメージを与える巻物「気合い」が存在します。これらの武器は回数制限がありますが、ブーメランは投げた後にキャッチすれば再利用可能です。また、主武器は上方向や下方向への攻撃も可能です。

各ステージには特定の目的が設定されている場合があり（アイテムの取得やボスの撃破など）、ほとんどのステージでは出口に到達し、以前はアクセスできなかった場所の地上マップに戻ることが目標となります。道中では敵キャラクターとの遭遇、武器や特別なアイテムの入手、そしてライフ回復のためのピザ集めなど、様々なイベントが発生します。

エリア2の後半では、亀忍者がハドソン川に飛び込む場面があります。ここではジャンプボタンを連打することで泳ぐことができ、2分20秒以内に、罠をかいくぐりながら8つの時限爆弾を解除するというミッションが課せられます。