『スーパーR-TYPE』のスーパーファミコン版は、容量の関係もありそのためのアレンジが多く見られます。

全ステージのほぼ半分はスーパーファミコン版オリジナル。

ステージ1「宇宙空間」(Boss:イルミネーター)
ステージ2「遺跡」(Boss:ザブトム)
ステージ3「洞窟」(Boss:インエグゼズ)
ステージ4「巨大戦艦」(Boss:プリズナー)
ステージ5「資源採掘場」(Boss:ライオス)
ステージ6「廃棄場」(Boss:リサイクラー)
ステージ7「バイド帝星」(Boss:ウーム)