『スーパーR-TYPE』のスーパーファミコン版は、容量の関係もありそのためのアレンジが多く見られます。

全ステージのほぼ半分はスーパーファミコン版オリジナル。

ステージ1「宇宙空間」（Boss：イルミネーター）
ステージ2「遺跡」（Boss：ザブトム）
ステージ3「洞窟」（Boss：インエグゼズ）
ステージ4「巨大戦艦」（Boss：プリズナー）
ステージ5「資源採掘場」（Boss：ライオス）
ステージ6「廃棄場」（Boss：リサイクラー）
ステージ7「バイド帝星」（Boss：ウーム）