『南国指令!!スパイvsスパイ』は、アメリカンコミックス『Mad』に連載された人気シリーズ『Spy vs. Spy』（1961年）を原作とする、2人対戦アクションゲームです。プレイヤーはそれぞれ「ヘッケル」もしくは「ジャッケル」となり、南太平洋に浮かぶ小島、マッドアイランドを舞台に、隠された超高性能ミサイル「SD1（スペースデッドワン）」の入手を目指します。

ゲームは全6ステージの中から1つを選択して開始されます。勝利条件は、敵よりも早くステージ内に隠されたミサイルの破片をすべて集め、無人島脱出用の潜水艦が待つ場所へ到達すること。ただし、島には様々な罠が仕掛けられており、これらにかかるとライフが減少、ライフが尽きるとゲームオーバーとなります。制限時間は両プレイヤーで共有されるため、時間配分も重要な戦略要素となります。

また、自キャラと敵キャラがある程度接近すると、殴り合いによる戦闘モードに移行します。ミサイルの破片集めだけでなく、直接的な戦闘も勝敗を左右する要素の一つと言えるでしょう。