『ゼノサーガ エピソードII［善悪の彼岸］』は、属性連携によるコンボ戦術が特徴のSF系コマンドRPGです。

本作では「上段」「下段」「空中」の3属性を組み合わせて敵の弱点を突き、ストックとブーストを駆使して連続攻撃を叩き込む戦闘システムを採用。前作の必殺技コマンドは廃止され、コンボ成立がダメージ効率の鍵となります。新たに登場する人型兵器「E.S.」は特定キャラのみ搭乗可能で、探索や戦闘に活用されます。武器・防具の概念は廃止され、スキル装備によるパラメータ調整が導入されました。

物語は前作の直後から始まり、Jr.を中心にU.R.T.V.の因縁やミルチア紛争の真相が描かれます。キャラクターデザインはリアル寄りに刷新され、演出もアニメ調から3Dムービー主体へと変化。シオンの兄・ジンが新たに参戦し、探索では足音を消すなどのステルス要素も追加されています。ショップ機能は廃止され、アイテムは敵ドロップや宝箱からのみ入手可能です。

PlayStation 2専用タイトルで、DVD2枚組構成。限定版にはKOS-MOSフィギュアが同梱されましたが、その造形が話題となり「邪神モッコス」というネットミームを生みました。2005年には廉価版「PlayStation 2 the Best」が発売され、続編『ゼノサーガ エピソードIII』へと物語が接続されます。