メトロイドプライムは、ゲームキューブ用に発売されたFPS。メインのゲーム画面は、サムスが装着しているパワードスーツのヘルメット部分にあるバイザーを通して見ているという設定。

物語の時系列はメトロイドシリーズ1作目『メトロイド』と2作目『メトロイドII RETURN OF SAMUS』の間で、人工生命体・メトロイドと謎のエネルギー物質・フェイゾンを巡る話が展開される。