『大航海時代II』は、16世紀の海洋世界を舞台にした歴史シミュレーションRPGで、プレイヤーは6人の主人公から1人を選び、それぞれ異なる目的を達成するために航海を重ねていきます。交易・海戦・冒険の3系統に分かれた名声システムが導入され、プレイスタイルに応じた自由な進行が可能です。

ゲームでは、港の発見や交易品の売買、海賊との戦闘、地図の完成など多彩な行動が展開されます。帆船やガレオンなどの船種ごとに性能が異なり、造船や装備の強化によって艦隊の運用が変化します。爵位の昇進によって税制や交渉に有利になる要素もあり、国家との関係性が戦略に影響を与えます。航海士の雇用や育成も重要で、仲間との連携が物語を左右します。

スーパーファミコン版ではインターフェースが大幅に改善され、以降のPlayStation・セガサターン版では演出や表現が調整されています。各機種で操作性や表現に違いがありますが、物語とシステムの骨格は共通です。