『3D ザ・スーパー忍II』は、2013年にセガよりニンテンドー3DS向けに配信されたダウンロード専用の横スクロール型アクションゲームです。1993年にメガドライブで発売された『ザ・スーパー忍II』をベースに、裸眼立体視や新機能を追加して復刻した作品であり、「セガ3D復刻プロジェクト」の第7弾タイトルとして登場しました。主人公ジョー・ムサシを操作し、悪の組織NEO ZEEDの野望を阻止するため、全7ラウンド21ステージを駆け抜けます。

本作では、手裏剣・忍刀・忍術を駆使した多彩なアクションに加え、三角跳び・ぶら下がり・ダッシュ斬り・飛び蹴りなどの新要素が導入されています。画面全体を攻撃する「火龍の術」や防御用の「雷の術」など、4種類の忍術を1ラウンドに1回使用可能で、戦略的なタイミングが求められます。3DS版では「ラウンドセレクト」機能により任意のステージ選択が可能となり、苦手な面の練習や立体視の演出を自由に楽しめる設計です。

さらに、上級者向けには「ダイレクト操作」モードが追加され、近接攻撃・手裏剣・防御・忍術を個別に操作できる5ボタン構成が採用されています。画面設定では「クラシック」モードによるブラウン管風表示や、立体感の調整（奥行き重視／ズーム重視）も可能です。オリジナル版のサウンドバランスも再現されており、メガドライブ音源のFM／PSGの比率を選択できます。