『剣と魔法と学園モノ。3D』は、2011年にアクワイアよりニンテンドー3DS向けに発売された3DダンジョンRPGです。プレイヤーは冒険者養成学校「モーディアル学園」の生徒となり、種族・学科・性格などを自由に組み合わせてキャラクターを作成し、地下迷宮の探索やクエストに挑みます。シリーズ第3作にあたり、前作『剣と魔法と学園モノ。3』の1年後を舞台に、同作のキャラクターも登場します。

本作では、ジャイロセンサーによるアラウンドビューや3D立体視など、ニンテンドー3DSの機能を活かした演出が導入されています。すれちがい通信にも対応しており、他プレイヤーのパーティと共闘することが可能です。学科システムは基本学科・特化学科・サブ学科に分かれており、戦士系・魔術系・万能系など多彩な育成方針が選択できます。ペットによる戦闘支援やアイテム錬金、制服変更などの要素も搭載されています。

同一ストーリーを採用したPSP版『剣と魔法と学園モノ。Final ～新入生はお姫様！～』も同年に発売されており、通信方式やUI、難易度などに一部仕様差があります。