『シークレット オブ エヴァンゲリオン』は、原作の裏側に迫るオリジナルストーリーを描いた心理サスペンス型アドベンチャーゲームです。

プレイヤーはNERV諜報部の職員・剣崎キョウヤとして、TVシリーズ第拾七話〜弐拾四話および劇場版をベースにした物語を追体験します。行動力を消費して施設を移動し、情報収集やキャラクターとの交流を通じて物語が分岐。選択肢と行動によって「原作準拠ルート」「剣崎ルート」「加賀ヒトミルート」など複数のルートに分岐し、最大10種類のエンディングが用意されています。

原作では語られなかった「加持リョウジの死の真相」「EVA四号機の存在」「人類補完計画の裏側」などが独自の視点で描かれ、ファンの考察欲を刺激する構成。心理描写や政治的陰謀、科学的考察が絡み合い、原作の補完と再解釈を同時に楽しめる内容となっています。限定版ではアスカver.／綾波ver.のパッケージが存在し、PSP版やWindows版では追加CGやクイズモードも搭載されています。