『メトロイド アザーエム』は、Wii用に発売されたアクションゲーム。ボタンの少ないWiiリモコンを操作体系としつつ、各アクションをシチュエーション毎に半自動的に選択し発動されるなど、ダイナミック且つ爽快感のある操作を実現させた作品。ストーリーの方にも重点的に描かれており、CGムービーや声優によるキャラクターボイスなどが挿入されている。

あらすじ

惑星ゼーベスにて死闘の末スペースパイレーツの親玉「マザーブレイン」を打ち破ったサムス・アランだったが、その代償にメトロイドの最後の生き残りでありサムスにとって特別な存在でもあったベビーメトロイドを失ってしまう。
満身創痍で帰還した後に連邦でのコンディションチェックを終えたサムスは、スペースパイレーツの崩壊と惑星ゼーベスの消失、メトロイドの絶滅を報告した。

それからしばらくの月日が流れた後のこと、宇宙を航行していたサムスに突如救難信号(Baby’sCry)が入ってくる。
救難信号が発信されていたのは辺境宙域にあるスペースコロニー、ボトルシップ。その内部にてサムスはかつての同僚である銀河連邦軍のアンソニーや元上官であるアダムらと再会する。
ボトルシップ内を探索する中で、惨殺された研究員の死体や数々の危険生物が放たれていることを確認したサムスは、アダムの指示のもと彼らと行動をすることとなる。

破棄されたはずのボトルシップにて何が起こっているのか?銀河連邦軍が何故ここにやってきていたのか?
事件を追うに連れ、サムスは裏に渦巻く銀河連邦軍の陰謀へと巻き込まれていく……。