「がんばれゴエモン2 奇天烈将軍マッギネス」は1993年12月に発売。スーパーファミコン版の「がんばれゴエモン」シリーズ第2弾。

本作から従来のシリーズのゲームシステムに大幅な変更が加わった。
見下ろし型のステージではなく横スクロールアクションがメインとなる。
また、ワールドマップでのステージセレクトを導入。

江戸時代をテーマにした純和風なビジュアルから、SF要素が加わり以降のゴエモンシリーズの世界観が本作で確率。
後に主要キャラクターとなる巨大からくりメカ「ゴエモン・いんぱくと」の初登場作品でもある。

ストーリー

福引きで当てた琉球リゾートでバカンスを楽しんでいたゴエモンとエビス丸の元に、伊賀の物知りじいさんが作ったからくり忍者サスケが駆け込んでくる。なんでも、謎の異人マッギネス＝カス＝テイラとその部下のマーブル5人衆の策謀により大江戸城が空中要塞に改造され、どこかへ飛んでいってしまったという。
ゴエモンたちはこの琉球旅行が自分たちを厄介払いするために仕組まれた罠であったことを悟り、マッギネスを追うべくサスケと共に旅立つのであった。
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プレイヤーキャラが自由に選択可能

主人公であるゴエモン以外に、エビス丸・サスケの3人から選択可能。各キャラによって能力や性能が差別化された。本作も2人同時プレイ可能。

ゴエモン・いんぱくとステージ

巨大からくりメカ「ゴエモン・いんぱくと」を操り3Dシューティングのような内容でプレイする事が可能。

ゲームボーイアドバンス版

「がんばれゴエモン ゆき姫救出絵巻」と「がんばれゴエモン2 奇天烈将軍マッギネス」の2本を合わせたリメイクとして、『傑作選!がんばれゴエモン1・2 ゆき姫とマッギネス』が
2005年4月21日に発売された。

1人プレイ専用や、旅日記がファイルセーブになるなど変更点がいくつかある。