『遊☆戯☆王デュエルモンスターズ エキスパート3』は、2004年にゲームボーイアドバンス向けに発売された対戦型カードゲームです。本作はOCG（オフィシャルカードゲーム）の新エキスパートルールに準拠したデュエルシミュレーターであり、ストーリー要素を完全に排除し、対戦に特化した構成となっています。収録カードは「新たなる支配者」までの1138枚で、前作からの追加・削除による歯抜け収録が初めて採用されました。

ゲーム内では、登場キャラクターとの対戦を通じてカードパックを獲得し、デッキを構築していく形式です。パスワードによるカード入手は廃止され、デッキ保存数は3つまで拡張されています。また、6ヶ国語対応の言語切替機能が搭載されており、国際大会公式ソフトとしての役割も果たしています。対戦相手の選択時にはデッキ傾向が表示され、実戦的な構成が多く採用されています。

一方で、マッチ戦やサイドデッキ機能は削除されており、テンポや演出面では前作に比べて簡略化されています。初期デッキの構成は貧弱で、強力なカードの入手には時間を要する仕様です。エンディング後には「コナミコマンド」による再視聴機能が追加され、カード収集率100％で制限解除が可能となる隠し要素も存在します。