『ポケットモンスター オメガルビー』と『ポケットモンスター アルファサファイア』は、ゲームボーイアドバンスで発売されたポケモンシリーズ3作目『ポケットモンスター ルビー・サファイア』を、ニンテンドー3DS用にアレンジしたリメイク作品。

物語は、ミシロタウンに研究所をかまえるポケモンはかせ・オダマキとの出会いから始まります。

『ポケットモンスター オメガルビー・アルファサファイア』それぞれでストーリーは異なり、『ポケットモンスター オメガルビー』では「大地を広げること」を目的とする「マグマ団」が、『ポケットモンスター アルファサファイア』では「海を広げること」を目的とする「アクア団」が、どんどん勢力を拡大し、主人公の前に立ちはだかる。

そして、『ポケットモンスター X・Y』で登場した「メガシンカ」。その謎に迫るエピソードを『ポケットモンスター オメガルビー・アルファサファイア』には加えられている。