Jリーグ ウイニングイレブン2009 クラブチャンピオンシップ』は、Jリーグ公認のクラブチーム専用サッカーゲームとして、PlayStation 2向けに展開されたタイトルです。本作では、J1・J2全36クラブの選手データ（2009年4月10日時点）を収録しており、栃木SC、カターレ富山、ファジアーノ岡山の新規参入クラブも登場します。さらに、全クラブのホームスタジアムを実名で収録し、国内3冠（Jリーグ、ナビスコカップ、天皇杯）を再現したモード構成が特徴です。

ゲームモードには「マスターリーグ」「ファンタジスタ」「カップ戦」などが搭載されており、特にファンタジスタモードでは、任意の選手1人を操作するプレイスタイルに加え、新視点「縦ワイド」が導入されています。これにより、フィールド全体の状況把握が容易となり、戦術的な操作性が向上しています。また、実写映像による演出強化も施されており、スタジアムの臨場感を高める工夫が随所に見られます。

海外クラブも118チーム以上が収録されており、Jリーグクラブとの夢の対戦が可能です。ただし、イタリア・スペインなど一部クラブ名はライセンスの都合により変更されています。プレイ人数は最大8人まで対応しており、マルチタップを使用することで複数人での対戦も可能です。なお、Wii版は別タイトル『ウイニングイレブン プレーメーカー2009』として展開されています。