『遙かなる時空の中で3 運命の迷宮』は、2006年3月23日にコーエーから発売されたPlayStation 2用の女性向け恋愛アドベンチャーゲームで、『遙かなる時空の中で3』本編の大団円エンディング後を描いたファンディスク的な位置づけの作品です。プレイヤーは現代に戻った主人公・春日望美として、再び現れた怨霊の脅威と、謎の迷宮の出現に立ち向かうことになります。

本作は「鎌倉パート」と「迷宮パート」の2つの要素で構成されており、前者では現代の鎌倉を舞台に日常イベントや恋愛イベントが展開され、後者ではダンジョン探索と戦闘が中心となります。戦闘は前作と同様に円陣システムを採用し、最大4人のキャラクターで戦うターン制バトルが展開されます。新たに追加された「協力技」や「合体技」などの演出も強化されており、キャラクター同士の絆が戦闘にも影響を与える構成です。

また、今作では現代に適応した八葉たちの私服姿や、携帯カメラによるスクリーンショット機能、迷宮内での謎解き要素など、ファン向けの演出や新要素が多数盛り込まれています。恋愛エンディングは各キャラクターごとに用意されており、前作および『十六夜記』のセーブデータがあると、追加イベントや回想シーンが解放される連動要素も存在します。