『メタルギアソリッド3 サブシスタンス』は、『スネークイーター』をベースに、操作性・視点・収録内容を大幅に強化した完全版です。最大の特徴は、従来の固定カメラから自由視点に切り替え可能な「フリーレンジカメラ」の導入。ジャングルでの潜入行動において視認性と戦術性が飛躍的に向上し、ステルスアクションとしての完成度が格段に高まりました。

本作には、オリジナル版の本編に加えて、シリーズ初のオンライン対戦モード「METAL GEAR ONLINE」が収録されています。最大8人による潜入・殲滅・奪取などのルールで、スネークや兵士を操作して戦うマルチプレイが可能です。また、初回限定版には『メタルギア』『メタルギア2 ソリッドスネーク』を収録した「スネークズテイルズ」や、開発資料・映像コンテンツを収めた特典ディスクも付属し、シリーズの歴史を振り返る構成となっています。

PlayStation 2専用タイトルとして2005年12月22日に発売され、通常版は2枚組、初回版は3枚組で展開されました。『スネークイーター』の物語とシステムをより深く味わえる構成は、ファンから“真の完成形”として高く評価されています。