マリオが白衣をまとい、医師として登場する『ドクターマリオ』は、ビンの中に現れたウイルスをカプセルで退治する落ち物パズルゲームです。赤、青、黄色の3種類のウイルス（ゲームボーイ版では白、黒、グレー）に対し、上から落ちてくるカプセルを操作し、縦か横一列に同じ色を4つ以上並べて消していきます。ウイルスだけでなく、カプセル同士をつなげても消せるのが特徴です。

ゲームの目的は、ビンの中にいるすべてのウイルスを消すこと。スピードはLOW・MID・HIの3段階、レベルは0から20までの21段階から選択でき、自分の腕前に合わせて難易度を調整できます。BGMはFEVER、CHILL、OFF（なし）の3種類から選ぶことができ、好みの音楽とともにゲームを楽しめます。

2人プレイでは、対戦相手よりも先にウイルスをすべて消すか、相手のビンにカプセルを積み上げて上まで到達させると1ポイント獲得。先に3ポイントを取った方が勝利となります。一度に複数のカプセルやウイルスを消すと、相手のビンにハーフカプセルが降り注ぎ、邪魔をすることができます。連鎖を駆使した攻撃も可能で、戦略的な対戦が楽しめます。