『遊☆戯☆王デュエルモンスターズ エキスパート2006』は、2006年にゲームボーイアドバンス向けに発売された対戦型カードゲームです。本作はOCG（オフィシャルカードゲーム）準拠のルールを採用したデュエルシミュレーターであり、ストーリーモードや原作キャラクターの登場を排除した構成となっています。収録カードは「SHADOW OF INFINITY」までの約2000枚に及び、当時のGBA作品としては最大規模の収録数を誇ります。

ゲーム開始時には第4期ストラクチャーデッキ6種から1つを選択可能で、初期所持カードには「STARTER DECK 2006」の構成が反映されています。モード構成はフリーデュエルに加え、「詰めデュエル」「制限デュエル」「テーマデュエル」「LPサバイバル」など多岐にわたり、実戦的な構築力や応用力が試される内容となっています。禁止・制限リストは2005年9月1日版が初期搭載されており、パスワード入力によって2006年以降のリストに更新可能です。

演出面では原作キャラクターの排除により、対戦相手はすべてOCGモンスターで構成されており、AIの思考も実戦的なコンボやシナジーを重視した構成となっています。ただし、カード効果の一部に誤設定やバグが存在し、特定イベント（例：「大革命」テーマデュエル）のクリア不可などの不具合も報告されています。同梱特典として《黄金のホムンクルス》《原始太陽ヘリオス》《ヘリオス・デュオ・メギストス》の3枚が封入されており、豪華版にはアルティメットレア仕様の追加カードも付属しています。