ドンキーに奪われたミニマリオを取り戻す冒険が、パズルアクションゲームとして展開されます。ゲームは、それぞれ8つのステージからなる6つのワールドで構成されており、プレイヤーは各ワールドを攻略しながら、ドンキーとの対決を目指します。

各ステージは、パズルステージとミニマリオステージの2種類に分かれています。パズルステージはさらに前半と後半の2部構成となっており、知恵とアクションを駆使して攻略する必要があります。ミニマリオステージでは、「T」「O」「Y」の文字パネルをすべて集めなければ、おもちゃ箱を開けることができません。すべてのステージをクリアし、最後に待ち受けるドンキーとの戦いに勝利することで、次のワールドへと進むことができます。