1987年の誕生以来、脈々と受け継がれる人気ARPG『イース』シリーズ。『イース・オリジン』はその前日譚にあたり、シリーズの主人公アドル・クリスティンの冒険が始まった年からおよそ700年前の世界を舞台に展開します。『イース・オリジン スペシャルエディション』は、2006年に日本ファルコム発売の初回限定版のパッケージや特典アイテムのオフィシャル・ビジュアルブックをイメージして制作した特製レトロサイズボックス仕様。『イース』シリーズファンに向けたパッケージだけのスペシャルアイテムを同梱した豪華版。

双子の女神と六神官により栄華を誇る理想郷・イースに魔物が侵攻した。その手は女神たちが住むサルモン神殿に及んだが、女神たちは黒真珠の力により神殿を浮上させることに成功する。しかし魔物たちは地上に巨大な塔を築き上げ、天空に浮かぶサルモン神殿に再び飛来すると、双子の女神は姿を消してしまう。六神官らは消えた女神たちを探すため、騎士や魔道士から成る精鋭を地上に遣わす決断を下す。