『アルケミックダンジョンズ』は、素材を組み合わせて武具やアイテムを錬成しながら、ランダム生成されるダンジョンを攻略していくクラフト型ローグライクRPGです。プレイヤーは複数のキャラクターから1人を選び、それぞれ異なる能力を活かしてターン制の探索に挑みます。ダンジョン内では、草や岩などから素材を収集し、戦況に応じた装備や回復アイテムを即時クラフトする必要があります。

本作では、レベルや所持品の引き継ぎ要素は一切なく、毎回初期状態からの一発勝負となります。敵との交戦はターン制で進行し、移動や足踏みによってHPが回復する一方、空腹度の管理も求められます。クラフトによって生成した武器や防具には、魔力を秘めた「ませき」を使って特殊効果を付与することが可能で、戦略の幅が大きく広がります。

ニンテンドー3DS版では、ファイターやウィッチなどの基本キャラクターに加え、DX版ではヴァルキリーやくのいちなどの追加キャラクターが登場します。それぞれに固有能力が設定されており、プレイスタイルに応じた選択が可能です。ダンジョンは複数用意されており、すべてをクリアすると100階層の「ムゲンかいろう」が解禁されます。クラフトと探索の自由度が高く、プレイヤーの知識と判断力が試される構成です。