『ポケモン超不思議のダンジョン』は、ニンテンドー3DSで発売されたダンジョンRPG。前作『ポケモン不思議のダンジョン マグナゲートと∞迷宮』では、約150種のポケモンが登場したが、本作では『ポケットモンスター X・Y』で登場したポケモンも含めた720種類のポケモンが総出演。

突然、ポケモンの子どもとしてポケモンの世界にやってきてしまった元人間の主人公。
自分の名前と「自分は人間だった」ということ以外の記憶を全て失くし、路頭に迷っていたところを三体のオーベムに襲われる。
そこへ通りかかったコノハナを巻き込んで、なんとかオーベムたちから逃げ切った主人公は、コノハナの厚意により、おだやか村にあるコノハナの家に居候させてもらいつつ、そこで自分の記憶を探すこととなった。