『マリオ&ルイージRPG3!!!』は、ニンテンドーDS用ソフトとして発売されたブラザーアクションRPG。これまでのシリーズはマリオとルイージでシナリオ展開を繰り広げていたが、今作では、マリオのライバルであるクッパもメインキャラクターに据えられている。

Aボタンでマリオ、Bボタンでルイージを操作し、さらに今作ではXとYでクッパを操作することができる。クッパの体内に閉じ込められたマリオ達と、そうとは知らないクッパが間接的に協力し合いながら道を切り開いて行く。

ストーリー

平和なキノコ王国に、突如からだがふくれ、コロコロと転がり続けてしまう恐ろしい病気「メタコロ病」がはやり始めます。
スターの精もさじを投げた病の原因をさぐるべく、マリオとルイージが再び冒険に出ることになりました！

一方、いつものようにピーチ姫をさらおうとして、マリオに撃退されてしまった大魔王クッパ。
かれは森の奥で怪しげな商人から、とっても強くなれる「ラッキーキノコ」をプレゼントされます。

「マリオに勝てる!?本当か!?」

キノコをひとのみしたクッパですが、様子が激変!
まわりのありとあらゆるものを吸いこみ始めてしまいました。

そのままピーチ城にたどりついたクッパは、キノコの効果でマリオたちを吸いこんでしまいます。
クッパのからだに吸い込まれたマリオたちは？
そして、キノコ王国の運命やいかに!?