『さかなと遊ぼう! アクアゾーンDS 〜海水魚〜』は、ニンテンドーDSの機能を活かした海水魚育成シミュレーションです。プレイヤーはDSを水槽に見立て、熱帯魚を育てながら水槽のレイアウトを自由にカスタマイズできます。画面タッチやマイク入力によって魚とコミュニケーションを取ることが可能で、魚が懐く様子やミニゲームを通じた遊び要素も含まれています。

本作には「飼育」「冒険チャレンジ」「図鑑」「観賞」「通信」の5つのモードが搭載されており、魚の育成だけでなく、他プレイヤーとのアイテム交換や魚の繁殖も楽しめます。特に「冒険チャレンジ」では魚を誘導して泡をくぐらせるゲームが展開され、アクアポイントを獲得することで新たな魚やアクセサリーが解放されます。

グラフィック面では、20種類以上の海水魚が3Dポリゴンで再現されており、熱帯魚特有の輝きや動きが表現されています。アクセサリーは100種類以上が用意されており、プレイヤーの好みに応じた水槽作りが可能です。育成の過程では「ボトルメッセージ」に従って進行することで、熱帯魚飼育の基本を自然に学べる設計となっています。